1985 yılında Ankara Ü. Siyasal Bilgiler Fakültesi’nden mezun olan Çetinsaya, aynı bölümden 1988'de yüksek lisans derecesi aldı. 1994'de University of Manchester’da Orta Doğu Araştırmaları Bölümünden doktor unvanını aldı. Çetinsaya 1986-2002 yılları arasında Hacettepe Ü. Kamu Yönetimi Bölümünde,  2002-2009 yılları arasında da İTÜ İnsan ve Toplum Bilimleri Bölümünde öğretim görevlisi olarak çalıştı. Ardından İstanbul Şehir Üniversitesi Rektörlüğü görevini üstlenen Çetinsaya, 2011 yılında Cumhurbaşkanı Abdullah Gül tarafından Yükseköğretim Kurulu (YÖK) Başkanlığı görevine atandı.